专门针对Gaussian软件开发的可视化图形设置界面
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GaussView是专门针对Gaussian软件开发的可视化图形设置界面。通过GaussView您可以导入、构建您感兴趣的分子结构，设置、运行、监视以及控制Gaussian软件的计算过程，检索、查看所需的各种计算结果数据。大大降低计算化学的门槛，方便各类科研人员的使用。
GaussView 6新版本发布，专门为方便简单地处理大型化学体系计算开发了许多新增功能。这些新增功能完全支持Gaussian 16所有新增的建模方法和功能。相信通过GaussView 6您能马上便捷地使用Gaussian 16探究您研究的分子和反应机理。
※ 显示分子结构
✧ 转动、平移及缩放3D结构。
✧ 可以查看任何结构参数的数值。
✧ 对同一结构支持多个同步视窗或者独立视窗。
✧ 可以单独或者以分子集方式操作分子。
✧ 显示格式支持：wire fame, tubes, ball & stick, space fill (CPK)。
✧ 可显示每个元素的序号、符号、NMR屏蔽值。
✧ 显示立体化学信息（R，S）。
✧ 高亮、隐藏原子。
※ 建模
✧ 如提供元素周期表、官能团、环状结构、氨基酸、核苷、以及自定义模板。
✧ 支持导入各种标准分子格式，如PDB，Gaussian 输入输出文件、Sybyl文件（.mol2）、MDL（.mol, .rxn, .sdf）、晶体格式文件（.cif）、包含多个结构的 .sdf及 .mol2 文件。
✧ 自动或手动对整个分子或者选定的残基和二级结构进行精确加氢。
✧ 修改键长及类型、键角、二面角。
✧ 通过一个清理程序得到合理的初始结构。
✧ 对给定结构限定对称性。
✧ 镜像结构倒转、选定原子结构倒转。
✧ 给选定原子中心增加一个原子或碎片。
✧ 定义原子组类别。
✧ 定义非标准同位素。
✧ 可以建立聚合物、2D表面、3D晶体结构（PBC模块）。
✧ ONIOM分层。
✧ 显示及定义MM原子类型及电荷。
✧ 增加或重新定义冗余内坐标。
✧ 几何优化过程中定义冻结原子或坐标。
✧ QST2/QST3过渡态寻找时定义等价原子。
✧ 处理分子轨道：选择、重排等。
✧ 分子碎片猜测及BSSE计算时定分子碎片。
✧ 分子说明部分包含PDB数据。
✧ 频率计算可以选择简振模。
✧ NMR耦合常数计算时指定原子。
※ 计算设置和运行
✧ 通过图形界面选择计算方法，自动产生输入文件（支持所有Gaussian特性）。
✧ 可以选择溶剂化模型及定义其它参数。
✧ 定义计算资源（核、内存、节点等）。
✧ 可定义计算方法模板。
✧ 支持“快速启动”计算。
✧ 监控Gaussian 计算。
※ 显示Gaussian计算结果
✧ 显示原子电荷。
✧ 显示分子轨道、电子密度、静电势、自旋密度、NMR屏蔽密度的表面及轮廓图。
✧ 显示振动模式（频率计算）。
✧ 绘制图谱，如IR、Raman、NMR、VCD、ROA、UV-Visible、ECD等。
✧ 定义入射光频率。
✧ 显示NMR结果、几何结构优化过程、IRC、势能面扫描、BOMD和ADMP轨迹。
✧ 计算结果存为图片（静态、动态）。
✧ 数据导出。
✧ x86-64 Linux
✧ IA32 Linux
✧ 64-bit MacOSX
✧ 32-bit Windows
✧ 64-bit Windows
非谐振频率分析
GaussView 6 可以显示IR, Raman, VCD及ROA的谐振和非谐振光谱结果，所预测非谐振峰、强度将同谐振峰、强度同时显示（同时包括倍频及组合峰）。
所得谱图可以图片形式展示，包括独立展示或者同时在单个图中展示。例如，下图左边展示的是VCD光谱的谐振光谱，中间部分展示的则是VCD光谱的非谐振光谱，右边展示的则是两者的组合光谱。
PCM溶剂模型孔洞
GaussView 6 可以展示SCRF溶剂模型的孔洞，既可用全色展示，又可用网格和点展示，溶剂模型孔洞可根据用户喜好选定。例如，下图所示的原子孔洞表面可以用特定颜色展示（此表面已设置为透明）。
ORD（旋光色散光谱）
GaussView 6 可以展示旋光色散光谱计算的结果。分子组（molecule group）中每个分子的ORD光谱都能单独展示。下图所示为五个分子在特定激发频率下的ORD光谱，其中每个点为特定波长下所预测的旋光度。
电子振动光谱
GaussView 6 能展示电子振动分析结果，诸如电子振动光谱以及Duschinky矩阵。例如，下图展示的是单光子吸收电子振动光谱。跃迁(blue sticks)，跃迁对应的光谱(red curve)及最终的光谱(black curve)都能同时展示。
下图展示的是每对始态和终态的Duschinsky重叠矩阵，颜色从白色(0% overlap)到全色(100% overlap)标注。例如，我们可以看见在40左右始态和终态的重叠系数在 40-60%左右。
更加完善的计算总结
GaussView 6 可以显示更多的计算结果：
● Overview 栏显示计算得到的重要信息，新增溶剂化模型及极化率信息。
● Thermo 栏只有在进行频率计算后才会显示，它可以显示各种热力学值。
● Opt 栏只有在进行几何优化之后才会显示，它可以显示当前优化下的收敛情况，包括maximum, RMS force, displacement及能量变化。
保存视频文件
你可以使用GaussView6 来保存正则振动动画及振动模（MP4格式）。当保存正则振动动画时，你可以指定重复的频率、向前（或后）播放、调整振动速度和流畅性等。振动动画可以指定位移幅度、展示矢量位移及偶极矩等。
组合图
GaussView 6 可以从多个文件中以组合图的形式查看结果。主要功能如下：
● 可以改变线、短线以及两者组合的意义。
● 指定线短线的特征，包括粗细及颜色。
● 绘制组合线以及指定其外观。
● 对每个数据分配权重，包括Boltzmann平均。例如，下图展示的是4个构象的VCD光谱以及Boltzmann分布下的VCD光谱(dashed green line)，我们可以得知组合光谱图中构象1所占比重最高。
一步设置多个作业
GaussView 6可以通过几步简单操作对一个分子组(molecule group)进行Gaussian作业设置。过程如下：
● 确保所有分子都在一个分子组(molecule group)中。
● 在Gaussian Calculation Setup栏中按正常步骤来设置job type, model chemistry, title及其它关键词。
● 点击Assign to Molecule Group 按钮，使上述设定应用到分子组中的所有分子上。
● 保存时，设置 Save Molecule Group为每个分子创建独立文件。前缀及（或）分子编号可以加入到每个文件当中。
● 在下例中，我们通过构象搜索得到了84个分子。我们将作业设置为Opt+Freq，然后应用到分子组中的每个分子上，当保存时，每个分子将会产生独立的输入文件。
GMMX 构象搜索
GaussView 6 可以使用新增GMMX模块进行构象搜索。你可以通过以下一种或多种方法进行构象搜索：
● 对于 Cartesian 搜索，每个重原子将在X, Y, Z方向上随机移动一个距离。此方法在寻找局域最小值（local minima）时较为有效。
● 对于Bonds方法，每个已选择的键将会随机旋转一个值，这会使分子构象产生较大变化。此方法在寻找局域最小值间的相互转化时较为有效。
● 对于环状化合物，在Bonds方法中提供了Ringmaker策略。它将打开环中的一根键，旋转其余键，然后再试图重新闭环。如果闭环之后的键长及键角不合理，那么此构象将不会采纳，程序将会进入下一个可能的搜索。此方法对于8元环（或更大环）这样易变形的分子较为有效。而对于不易变形的环状化合物，此方法则效果不佳。对于这种情况， Cartesian 搜索方法则较为有效。
一旦GMMX 搜索完成，所有的构象信息将会列出，你可以使用GaussView 6以单个分子组形式打开和查看。同样，你可以查看这些构象的能量。
SC作业管理系统
SC作业管理系统是为局域网计算机而设置的队列系统（已载入GaussView 6中的服务器）。可以设置作业、加入一个队列及无需任何操作的情况下自动运行等。
在SC作业管理系统中有3个独立的队列，每个队列可以指定同时运行的作业数量。作业的状态可以通过SC作业管理系统中的Running Jobs及Finished Jobs 栏查看。SC作业管理系统也可以编辑作业类型（job types）、定义默认队列及其它高级设置。
对称性
GaussView中的点群对称性功能可以让你提高当前分子的对称性，可以限制一个分子为特定点群，之后的所有操作将会保持此对称性。
GaussView 6 允许降低当前分子的对称性。对于Jahn-Teller扭曲来说，保持某些分子的对称性对计算设置来说很有效，下图所示分子点群由D3h 变为D3。
刷选工具
GaussView6 提供三种不同的工具来选择分子中的原子，最新的工具为刷选(brush selection)。此工具主要用于在紧密簇中快速选定原子。
作业设置新功能
Gaussian Calculation Setup栏增加了许多新功能：
● A: Job Preview 面板显示所生成的输入文件内容。
● B: 可以从checkpoint文件中提取数据以及直接定义%OldChk。
● C: 可以指定作业最大硬盘使用量。
● D: 新增作业类型（job types），包括polarizabilities及ORD.
● E: 提供一个扩展面板用于指定布局分析。
● F: 支持Gaussian 16 新功能。例如anharmonic IR/Raman, VCD及ROA计算。
